| Ems | Von der bei der Hafeneinfahrt nach Papenburg über die Ems gehenden Verbindungslinie zwischen dem ehemaligen Diemer Schöpfwerk und dem Deichdurchlass bei Halte bis zur Westmole der Emder Hafeneinfahrt |
| Leda | Von der Einfahrt in den Vorhafen der Seeschleuse von Leer bis zur Mündung in die Ems |
| Hunte | Von 140 m unterhalb der Amalienbrücke in Oldenburg bis zur Mündung in die Weser |
| Lesum | Vom Zusammenfluss von Hamme und Wümme (km 0,00) bis zur Mündung in die Weser |
| Weser | Von der Nordwestkante der Eisenbahnbrücke in Bremen bis zur unteren Grenze des Hafens Brake mit dem Nebenarm Rekumer Loch |
| Este | Vom Unterwasser der Schleuse Buxtehude (km 0,25) bis zur Mündung in die Elbe |
| Lühe | Von der Nordkante der Marschdammbrücke in Horneburg (km 0,26) bis zur Mündung in die Elbe |
| Schwinge | Von der Nordkante der Salztorschleuse in Stade bis zur Mündung in die Elbe |
| Ruthenstrom | Von km 3,75 bis zur Mündung in die Elbe |
| Freiburger Hafenpriel | Von der Ostkante der Deichschleuse in Freiburg an der Elbe bis zur Mündung in die Elbe |
| Oste | Ab 210 m oberhalb der Achse der Straßenbrücke über das Ostesperrwerk (km 69,360) bis zur Mündung in die Elbe |
| Pinnau | Von der Westkante der im Verlauf der Elmshorner Straße liegenden Straßenbrücke in Pinneberg (km 0,36) bis zur Mündung in die Elbe |
| Krückau | Von der Südwestkante der im Verlauf der Straße Wedenkamp liegenden Straßenbrücke in Elmshorn bis zur Mündung in die Elbe |
| Stör | Vom Pegel Rensing bis zur Mündung in die Elbe |
| Elbabschnitt Mühlenberger Loch | Begrenzt durch die untere Grenze des Hamburger Hafens und die Insel Neßsand sowie km 635 auf der Hahnöfer Nebenelbe |
| Nebenelben: | |
| – Hahnöfer Nebenelbe | Begrenzt durch die Verlängerung der Elbkilometrierung von km 635,00 und km 644,00 |
| – Lühesander Süderelbe | Begrenzt durch die Verlängerung der Elbkilometrierung von km 646,50 und km 650,50 |
| – Bütztflether Süderelbe | Von km 0,69 bis zur Mündung in die Elbe |
| – Haseldorfer Binnenelbe | Begrenzt durch die Verlängerung der Elbkilometrierung von km 653,00 und km 658,00 |
| – Pagesander Nebenelbe | Begrenzt durch die Verlängerung der Elbkilometrierung von km 659,00 und km 664,00 |
| – Schwarztonnensander
Nebenelbe | Begrenzt durch die Verlängerung der Elbkilometrierung von km 661,00 und km 670,00 |
| – Wischhafener Süderelbe | Von km 8,03 bis zur Mündung in die Elbe |
| – Glückstädter Nebenelbe | Begrenzt durch die Verlängerung der Elbkilometrierung von km 672,00 und km 676,00 |
| Eider | Von oberhalb der Einmündung des Gieselaukanals (km 22,64) bis zur Verbindungslinie zwischen der Mitte der Burg (Tränke) und dem Kirchturm von Vollerwiek |
| Gieselaukanal | Von der Mündung in die Eider bis zur Mündung in den Nord-Ostsee-Kanal |
| Nord-Ostsee-Kanal
einschließlich Audorfer See und Schirnauer See | Von der Verbindungslinie zwischen den Molenköpfen in Brunsbüttel bis zu der Verbindungslinie zwischen den Einfahrtsfeuern in Kiel-Holtenau mit Borgstedter See mit Enge, Flemhuder See und Achterwehrer Schifffahrtskanal |
| Schlei | Binnenwärts der Verbindungslinie der Molenköpfe Schleimünde |
| Kieler Förde | Der südlich anschließende Teil der Kieler Förde ab der Einfahrt in den Nord-Ostsee-Kanal |
| Trave | Von der Nordwestkante der Eisenbahnhubbrücke in Lübeck mit der Pötenitzer Wiek, und dem Dassower See bis zu der Verbindungslinie der Köpfe der Süderinnenmole und Norderaußenmole in Travemünde |
| Wismarer Hafengebiet | |
| Warnow und Unterwarnow mit Breitling und Nebenarmen (ohne Nebenarm westlich der Badewieseninsel) | Von der Südkante der Eisenbahnbrücke Rostock-Stralsund bis zur Verbindungslinie zwischen der Nordkante der Westmole und der Nordkante der Ostmole in Rostock-Warnemünde |
| Gewässer, die vom Festland und den Halbinseln Darß und Zingst eingeschlossen sind | Saaler Bodden und Grabow seewärts begrenzt zwischen Halbinsel Zingst und Insel Bock durch das Breitenparallel 54° 26' 42" N, sowie östlich begrenzt durch den Meridian 13° O |
| Stralsunder Hafengebiet | Begrenzt durch die Verbindungslinie von der Ostspitze der Nordmole über die Mittelmole zur Westspitze der Ostmole sowie durch die südliche Hafengrenze und den Meridian 13° 7' 42" O |
| Selliner See | Selliner See und Baaber Bek bis zur Mündung in die Having |
| Greifswalder Hafengebiet mit Ryck | Von der Ostkante der Steinbecker Brücke in Greifswald bis zur Verbindungslinie der Seekanten der Molenköpfe |
| Wolgaster Hafengebiet | |
| Uecker | Von der Südwestkante der Straßenbrücke in Ueckermünde bis zur Verbindungslinie der Seekanten der Molenköpfe |