Die Tätigkeit des Militärischen Abschirmdienstes unterliegt der Dienst-, Fach- und Rechtsaufsicht des Bundesministeriums der Verteidigung. Es kann gegenüber dem Militärischen Abschirmdienst Weisungen erteilen.
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Dienstvorschriften des Militärischen Abschirmdienstes bedürfen der Zustimmung des Bundesministeriums der Verteidigung.